改善土壤养分状况。有机肥料施入土壤后，经过微生物的分解转化，变成作物能够吸收利用的有效养分，提高土壤供肥能力。有机肥料中的有机酸与钙、镁、铁、铝形成稳定性很强的络合物，从而减少磷的固定和铁、铝的毒害。有机酸及其盐类对土壤酸碱度具有缓冲作用，提高土壤的缓冲能力。

 改良土壤结构。有机肥料在微生物的作用下形成的腐殖质是一种有机胶体，能将土粒结合在一起，形成稳定的团粒结构，增加土壤的通气性和透水性，改善土壤的水、肥、气、热状况，有利于作物生长。

 促进微生物活动。有机肥料为微生物活动提供大量的能源物质，不仅可以加速有机质本身所含养分的分解、转化和释放，而且有助于土壤中原有的磷、钾等矿质养分的释放，加速土壤中生物小循环的过程，有利于土壤有效肥力的进一步提高。