什么叫菌肥呢？菌肥就是用人工的方法培养某些有益微生物而制成的肥料。过去，人们把它叫做细菌肥料，其实早已超出了利用细菌这一类群微生物的范围，而把利用放线菌、藻类也包括进去了，固氮蓝藻等。因此，把过去的习惯叫法细菌肥料改称为“菌肥”，就更确切些。

菌肥和化学肥料、农家肥料不同。，菌肥本身含有作物所需要的养分是微不足道的，它是把从土壤中分离出来的有益的微生物，用人工方法加以培养，使它大量繁殖，然后施用到土壤中，以调整土壤中有益微生物的种类和数量，从而加速转化土壤中有效的氮，磷、钾等养分，或刺激作物生长，增强作物抗病性，以提高作物产量。在整个肥料领域中，化学肥料和农家肥料是作物的主要肥料，菌肥是一种辅助性的肥料。因此，在施用菌肥的同时，还要施足施好化肥和农家肥料，并配合其他栽培管理等技术措施，苗肥才能更好地发挥作用。