土壤良好的物理性状是保证植物生长和维持土壤质量的重要因素。土壤团粒结构、容重和孔隙度是土壤物理性质的重要组成部分，影响着土壤水、气、热的流通与贮存。随设施栽培年限的延长，土壤团聚体稳定性降低，大粒级团聚体百分含量减少，通气孔隙度降低，土壤板结，透水、透气性变差。相关研究表明，施用生物有机肥能有效改善土壤的物理性质,提高土壤通透性和保水保肥能力。研究了不同水平生物有机肥对木薯地土壤的改良作用，结果表明，施用生物有机肥降低了木薯地土壤容重，增加了土壤孔隙度和田间持水量，土壤水分状况与通气状况明显好转，有利于促进木薯块根发育、膨大。应用多功能木霉菌肥处理连作黄瓜土壤，与对照相比，土壤容重降低9.9%，土壤孔隙度提高10.3%，说明多功能木霉菌肥对改善连作土壤的物理性质具有重要作用。将含有枯草芽孢杆菌、白地霉菌的生物有机肥施入菜地中，研究其对菜地土壤理化性质的影响，结果表明，生物有机肥能有效改善土壤的容重、比重和总孔隙度等物理性质，土壤缓冲能力和保持水土能力增强。

生物有机肥提高土壤物理性质的作用机制可能与有机质含量的增加有关。多项研究证实,有机质在改善土壤团粒结构,提高土壤稳定性方面发挥了重要作用。随着有机质含量的增加，土壤团聚体的稳定性显著提高，粘粒的分散性显著降低。生物有机肥本身就含有丰富的有机质，并且生物有机肥施入土壤后还能进一步提高土壤中的有机质含量。有机质经微生物分解形成新的腐殖酸类胶体物质，它与植物根系、土壤粘土及钙离子通过物理和化学作用胶结，形成有机-无机复合体，促进了土壤中水稳性团粒结构的形成，从而可以协调土壤水、肥、气、热等矛盾，使土壤疏松，耕性变好。