菌肥中的菌种只有经过大量繁殖，在土壤中形成规模后才能有效体现出菌肥的功能，为了让菌种尽快繁殖，就要给其提供合适的环境条件。
3.1 调控好地温
一般菌肥中的生物菌在土壤18～25℃时生命活动为活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，冬季大棚蔬菜施入菌肥后，调控好地温至关重要。而在冬季要想保持较高的地温，首先要控制好大棚内的气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天应保持在25～30℃为宜，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，在操作行内覆盖作物秸秆也不失为一种好办法。
3.2 调控好土壤的湿度
微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动，因此必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。冬季大棚蔬菜浇水应选在晴天上午进行，因这段时间内浇水有利于地温的恢复和棚内湿气的排除。浇水时要注意浇小水，切忌大水漫灌。
3.3 保持良好的土壤通气性
生物菌肥中的微生物大多是好气性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷细菌等。因此，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。
3.4 适宜的土壤PH值
一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，如硅酸盐细菌需要在PH7～8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。
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