土壤腐殖质的黏结力和站着力比砂性土强，因此能粘合砂粒，提高砂土的团聚性，降低砂粒的分散性。另外，土壤腐殖质是亲水胶体，富有小孔隙，吸水性极强。因此，砂土增加有机质后，既可咸缓砂性土通透性过强的缺点，又可增强保苦水分的能力。 土壤有机质对农药等有机污染物有强烈的亲和力，对有机污染物在土壤中的残留、迁移以及生物活性和生物降解等方面均有重要影响。土壤有机质转化形成的腐殖质，对农药的固定作用比较明显。

土壤腐殖质含有多种功能团，对重金属离子有较强的络合和富集能力。土壤腐殖酸与重金属离子络合形成络合物，在土壤中迁移性加强，从而可将污染物淋出土体。此外，土壤腐殖酸通过对金属离子的吸附和还原作用，也能降低其重金属的毒害作用。