微生物有机肥与化肥配施能够降低烟株花叶病和叶斑病发病率50%以上。研究了有机肥对红花大金元产质量的影响，结果表明微生物有机肥和化肥配施，烟株发病率也较低。微生物有机肥含有丰富的有益微生物和有机物质，为土壤提供丰富的有机质来源的同时，还增加了土壤中微生物种群；而在提高土壤碳氮比的同时，还增加了烟株根际土壤微生物数量，增强了烟株的营养抗性，进而降低了烟株的发病率和病情指数。

增施土壤有机物质能够提高作物的产量和品质；也有研究表明，植烟土壤中添加有机碳能够增强烟株代谢，增加作物产量，提高烤后烟叶化学成分协调性，且该碳源部分有机大分子可直接被烟株吸收，进而增加烤后烟叶石油醚提取物含量和中性致香物质含量。而试验结果表明，微生物有机肥施入土壤后，可改善土壤理化性状和碳库管理指数，同时部分有机物质能够直接被作物吸收和转化，进而提高烟叶产量及叶片油分和外观质量，同时其主要化学成分协调性有所提高。