3.1 使得蔬菜中硝酸盐的含量降低

硝酸盐含量比较多的农作物就是蔬菜，它的含量比别的农作物高出很多，使用微生物肥料可以使蔬菜含有的硝酸盐含量减少，其中特别是复合微生物肥料的作用更加明显。

3.2 提高了蔬菜作物的品质与产量

微生物肥料因为包含了活体菌，它能够使土壤里的有机质快速都分解，释放没有作用的矿物养料，还能够帮助蔬菜吸收更多的养分，提高了蔬菜的营养，提高了养分的效率，同时因为微生物肥料分泌的植物激素，还能够推动植物的生长，从而提高了蔬菜作物的产品质量以及产品数量。

3.3 使土壤的肥力增大

微生物的肥料一般都是通过菌剂的形式作用于土壤，释放或者溶解土壤里面的难溶性的养分，提高蔬菜吸收的养分，如果坚持长期的使用微生物肥料，不仅可以提高有机质的数量，还能使土壤里面的微生物保持平衡，提高土壤的生产能力以及改善土壤性质，促使土壤能够呈现一个良好的状态。

3.4 使蔬菜的抗病能力增强

一般来说，蔬菜在温室的环境中，因为空气湿度比较大，气温比较低，发生病害的机率就比较大，一旦产生病害，蔬菜的存活率就会降低，可能会造成比较大的损失，使用微生物肥料，可以抑制病原微生物，降低蔬菜患病害的机率。