土壤中有益菌减少，有害菌增多，影响了百香果的正常生长。如在种植期间增施生物有机肥，就能增加土壤中的有益菌，抑制有害菌，并分解土壤中的有毒有害物质，进而减少烂根、烂茎和死苗现象的发生。

种植时，要施生物有机肥作基肥。一般每株施生物有机肥50～100克，并与其他基肥如氮磷钾完全肥、沤制腐熟人畜禽粪等充分搅拌均匀后，再与挖种植穴时挖起的泥土充分搅拌混合，回填种植穴后再种植苗木。

在百香果生长过程中，特别是开花结果后，应每月根部施一次生物有机肥，每次每株施150～200克，均匀撒施在植株根部周围的土壤中，再培上一层厚约8～10厘米的泥土，将生物有机肥全部覆盖住。也可每次每株淋施250～300倍液体生物有机肥水溶液2～3公斤，均匀淋施在植株根部周围的土壤中，以肥液完全渗透入泥土中不往外流为宜。