通过生物有机肥中有益菌改善土壤环境，促进拮抗菌在土壤和根际中的定植和生存，有效降低有害病菌的数量，同时改善马铃薯植株根际微生物区系，提高植株系统抗性。施用生物有机肥可以改善作物品质、促进作物生长和防控作物的土传病害。增施有机肥显著提高了马铃薯的产量；施用配方肥能提高马铃薯VC含量，各处理均可提高马铃薯淀粉、粗蛋白、磷含量，增施有机肥可大幅的增加马铃薯块茎的钾含量。

生物有机肥对土壤重金属含量的降低也有作用，从而减少对作物的危害，对维持土壤中有益微生物菌群起到重要作用，具有环境友好的特性。施用微生物肥不仅可以增加营养物质，还因其含有大量的有益微生物，施入土壤后，通过有益微生物的大量繁殖而发挥其固氮，磷钾释放，扩大根系吸收面积和抑制有害菌繁殖的作用。