大蒜根系浅，根毛少，吸收养分能力弱，对基肥质量要求较高。施用前，要使有机肥充分腐熟，并将其捣碎拌匀，以防止未腐熟的生粪导致蒜蛆危害。常用的农家肥料有人粪尿，猪粪尿，鸡、鸭粪和饼肥等。一般每667平方米施用猪粪尿2500~3000千克。用化肥做基肥的，每667平方米施用硫酸铵30~35千克，或者尿素10~15千克，将肥料施入沟中，再覆土盖好。南方地区的酸性土壤，可以在基肥中加入适量石灰，以降低其酸度。

对秋播大蒜，在幼苗期，越冬前要各追肥一次，施用的肥料可以用人粪尿或化肥等，以促使幼苗在冬前发好根，长好苗。一般每667平方米施用腐熟人粪尿1000~2500千克，或者追施硫酸铵15~20千克，或者尿素7~9千克，随水追施。如果大蒜幼苗生长旺盛，可以不追肥，以防止冬前幼苗过旺。越冬时要覆盖麦、稻草，撒施土杂肥、塘泥等，每667平方米施用5000~7000千克，可使第二年植株抽薹早，蒜瓣大，蒜头重。春季温度上升后，为满足春发阶段对养分的需求，要及时追施一次春肥，可施用人粪尿或化肥。抽薹时再每667平方米追施硫酸铵20~25千克，或者尿素9~12千克。施入抽薹肥厚1个月，大蒜的磷芽进入发育旺盛期，需要养分量较大。这时，要追施一次速效性肥料，每667平方米可施用猪粪尿3000~4500千克，或者硫酸铵18~20千克，或者尿素8~10千克，可促使大蒜早抽薹，提高蒜薹和蒜头的产量与质量。大蒜施肥时，要注重两个关键期的施肥，一是催苗肥，以促进大蒜叶片生长；二是催头肥，以促进大蒜鳞茎的膨大。