在育苗基质中，微生物不仅参与植物的生长与代谢，还参与基质中各种物质的转化过程，并能降低有害物质含量，维持基质适宜的理化性状。同时，微生物又是基质中物质间生理生化过程的主要调节者。基质微生物种群中，细菌数量最多，可分解动植物残体，进行固氮，为植物提供氮素营养，稳定根系微生态环境。

微生物菌剂，由一种或多种有益微生物、培养基和添加剂配制而成，其中所含微生物的生命活动，能增加基质栽培蔬菜作物养分的供应量，促进生长，提高作物抗病性，改善农产品品质及农业生态环境。

微生物菌剂形成的菌根能够提高植物对根际矿质元素的吸收，改善植物的营养状况，促进作物生长。基质中添加微生物菌剂后，一些有益微生物可改善基质物理性状，提高基质酶活性，增加微生物数量和腐殖质含量，从而提高基质肥力水平。微生物菌剂能够诱导或激活有益微生物在植物根际或植物体内定殖的能力，抑制植物病原菌和根际有害微生物及促进植物生长，从而增加作物产量。调节根际次生代谢物质产生，促进植株生长。提高根际微生物定殖能力，增强对病虫害抗性