施用有机肥，应重视肥料的成分。有机肥，大多数是利用有机物料进行高温发酵制成的。经充分发酵后制出的有机商品肥，不仅不会发出臭味，有的甚至还会带有某种特殊的香味；可有些使用者错误地认为购买的商品有机肥如不带臭味就质量不高，这是一种认识误区。其实只有那些未经充分发酵的产品才会有难闻的臭味。市场上供应的有机肥，对其有效养分的含量都有明确的标示，在选用时要根据不同作物种类选择养分对路的产品，以适应蔬菜生产的需求。
施用的农家有机肥，必须充分腐熟。动物粪便、各种农作物秸秆都是农家制作有机肥的原料，但如果不经充分腐熟就施用，则不能杀死原料中的杂草种子、病菌和虫卵等，这样残存的杂草种子、病菌、虫卵就容易在施用地发生二次危害。另外，还有可能会通过蔬菜传播一些对食用者有害的疾病。未经腐熟的猪牛粪、鸡鸭粪肥和绿肥，在分解过程中会产生有机酸和大量热量，施用会导致“生肥”热害，使蔬菜作物根部受伤而造成肥害，引起烧苗、烂根而得不偿失。
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